Showing posts with label Research. Show all posts
Showing posts with label Research. Show all posts
Bismillah..


Biasanya untuk meng-upload gambar di sebuah paper, dibutuhkan gambar yang beresolusi minimal 300 dpi (dots per inch). Biasanya saya memakai software inkscape untuk membuat skematik gambar-gambar eksperimen. Di sana sebenarnya sudah ada pilihan untuk membuat gambar dengan resolusi 300 dpi, dengan format *.png. Maslahnya di paper-paper tertentu, seperti JPhysD, NJP dan PoP, mereka meminta format *.tif dengan resolusi 300 dpi.

Nah, cara mengakalinya yaitu dengan software imagej ini. Biasanya sih, saya pakai software imagej hanya untuk menghitung intensitas fluorescent. Tapi ternyata imageJ ini juga bisa untuk mengubah nilai dpi. Berikut step-stepnya:

Mengubah resolusi image menjadi 300 dpi:
1. Open image
2. Analyze --> Set Scale...
3. Isi seperti gambar berikut
Distance in pixels: 300
Known distance:1
Pixel aspect ratio: 1.0
Unit of length: inch

4. Terakhir tinggal disimpan:
Save as --> pilih .Tiff... file --> save di folder yang diinginkan

Untuk mengecek apakah sudah 300 dpi, bisa di klik kanan dan lihat properties --> detail. Di sana akan berubah menjadi 300 dpi.

sumber: klik di sini
Semoga bermanfaat,
Hamamatsu, 2016.03.14

Bismillah...



Biochip, bio-microarray divais, merupakan divais yang digunakan untuk mendiagnosis ratusan atau bahkan ribuan biomolekul, seperti DNA dan protein. Biochip secara umum terbagi menjadi tiga tipe: DNA microarray, protein microarray, and microfluidic chip.

Referensi: C.M. Li, et al.,"Chapter 11 Biochips – fundamentals and applications"

Bismillah...

Gambar 1. Perbedaan antara (a) plasma dan (b) discharge [1].
Berikut ini adalah penjelasan singkat perbedaan antara plasma, discharge dan sheath yang dirujuk dari buku Principles of Plasma Discharges and Materials Processing karya Michael A. Lieberman; Allan J. Lichtenberg.

Plasma
Plasma merupakan kumpulan dari partikel bermuatan yang bergerak bebas dengan acak sehingga, secara rata-rata, memiliki muatan listrik yang netral seperti terlihat Gambar 1(a). Secara makroskopis, plasma dapat didefinisikan sebagai suatu zat fisis keempat setelah zat padat, zat cair dan gas, sebagaimana yang kita ketahui pada pemanasan zat padat menjadi cair, pemanasan zat cair menjadi gas dan pemanasan gas menjadi plasma, seperti terlihat pada Gambar 2. Selain itu, plasma secara elektrik bersifat konduktor dan mengandung free charge carrier.

Image
Gambar 2. Plasma sebagai keadaan fisis ke empat dari wujud zat [2].
Discharge
Contoh discharge sederhana dapat dilihat pada gambar 1(b). Gas antara dua elektroda yang diberi tegangan dan berada pada tekanan rendah akan menghasilkan plasma. Akan tetapi plasma yang dihasilkan tidak mengisi ruangan antara kedua elektroda, atau hanya sebagian saja. Nah, yang disebut discharge adalah keseluruhannya, plasma dan gas netral yang tidak terionisasi (atau disebut juga sheath, yang akan dijelaskan kemudian)
Plasma yang dihasilkan tsb disebut weakly ionized plasma, dimana kerapatan plasma hanya sebagian dari kerapatan gas netral. Kenapa weakly ionized plasma? Karena discharge ini menggunakan pemicu elektrik yang umumnya hanya memanaskan elektron pada gas, sementara partikel netral yang bermassa lebih berat tidak bisa ditransfer energinya oleh elektron. Sehingga hanya sebagian partikel gas yang berubah wujud menjadi plasma. 
Berikut adalah karakteristik dari weakly ionized plasma discharge:
(1) plasma dibangkitkan secara elektrik
(2) tumbukan partikel bermuatan dengan molekul gas netral merupakan hal yang penting
(3) boundary atau pembatas plasma merupakan parameter yang penting
(4) ionisasi partikel netral dalam keadaan steady state
(5) elektron dan ion dalam keadaan tidak thermal equilibrium, Telektron >> Tion

Sheath
Sheath merupakan area yang bermuatan positif pada sebuah discharge, seperti terlihat pada Gambar 3. Secara ringkas, sheath terbentuk karena pergerakan elektron yang sangat cepat dan akan menghilang dengan cepat pula pada bagian dinding elektrode. Electron thermal velocity (eTe/m)^1/2 memiliki kecepatan paling tidak 100 kali lebih cepat dari ion thermal velocity (eTi/M)^1/2 karena massanya yang ringan, m/M << 1, dan suhunya yang lebih tinggi, Te >~ Ti. 
Sehingga akan menciptakan lapisan tipis (s << l) yang bermuatan positif pada dinding, dimana nion >> nelektron sehingga muatan p = e(nion -nelektron) bernilai positif. Panjang daerah sheath ini bisa dihitung dengan menggunakan rumus Debye length.
Konsekuensi dari profil potential yang positif yaitu ion yang bergerak dari plasma ke sheath akan dipercepat, sebaliknya pergerakan elektron akan diperlambat atau bahkan ditolak dan kembali lagi ke plasma. Sehingga pada daerah sheath ini akan terjadi ion bombarding. Hal ini nantinya akan sangat bermanfaat untuk aplikasi material proses, seperti plasma reaktif ion etching menggunakan RIE, dimana substrate yang akan di-etching sebenarnya tidak tersentuh plasma (tidak di dalam daerah plasma), melainkan dalam daerah sheath, dimana ion bombardment akan menumbuk substrate dan akhirnya terjadilah proses etching. 
Gambar 3. Perbedaan plasma dan sheath [1].
Referensi:
[1] M. A. Lieberman and A. J. Lichtenberg, Principles of Plasma Discharges and Materials Processing. A Wiley-Interscience Publication, 2005.
[2] http://www.plasmas.org/E-4phases2.jpg
[3] C. Tendero, et al.,"Atmospheric pressure plasmas: A review", Spec. Acta Part B: Atomic Spec., 2005.

Semoga bermanfaat,
21 Rajab 1436
Bismillah...

"Nun, demi pena dan apa yang mereka tulis...[Al Qalam 68:1]"

Bagi kebanyakan mahasiswa PhD, menulis hasil riset di jurnal internasional yang berbentuk makalah, atau biasa disebut research paper, adalah sebuah keharusan. Menulis paper berarti juga melaporkan riset yang telah dilakukan kepada seluruh dunia. Alhamdulillah, di tahun ke-2 PhD, paper pertama diterima di journal Carbon.


Perjalanan penulisan research paper ini cukup lama, sekitar 9 bulan, dari pembuatan draft sampai diterima dan dipublish. Alhamdulillahnya adalah manuscriptnya hanya perlu submit di satu jurnal, tidak perlu berganti-ganti jurnal yang dituju. Ceritanya akan lain, jika ternyata ditolak di jurnal pertama dan akan jadi lebih lama lagi :)

Penulisan draft
Setelah 6 bulan melakukan riset, April 2014, Sensei (panggilan Proffesor di Jepang ed.) akhirnya menyarankan menuliskannya sebagai manuscript dan akan disubmit di jurnal Carbon. Dengan dukungan data-data lain dari mahasiswa S2 dan S1, Sensei menilai hasil risetnya sudah cukup untuk dipublish di jurnal. 
Penulisan draft ini termasuk lama, karena selain harus menulis, juga harus mengambil data baru yang akan dilengkapi di paper, sehingga pekerjaannya tidak hanya menulis, tetapi juga melakukan eksperimen. Selain itu, karena setiap minggu kami harus melakukan presentasi progress report, maka minimal setiap 2 minggu sekali, saya harus melakukan eksperimen lanjutan tentang immobilisasi biomolekul, untuk dipresentasikan.
Penulisan draft paper pertama mengikuti panduan di buku Academic Writing for Graduate Student, bisa dibaca di sini. Menurut buku tersebut, yang paling awal ditulis, untuk riset yang berbasis eksperimen, yaitu 
1. Experimental section
2. Results and discussion
3. Conclusions
4. Introduction

Karena sudah ada jurnal target, yaitu Carbon, maka format penulisan mengikuti format jurnal tersebut. Penulisan yang paling pertama yaitu bagian experimental setup. Kenapa bagian ini pertama,  karena bagian ini adalah bagian yang paling mudah ditulis, tidak perlu analisis dan diskusi. Cukup penjelasan saja. Dan saya mengikuti saran buku tersebut. Setelah bagian eksperiment selesai, maka tahap selanjutnya bagian results and discussion. Pada bagian ini, data, gambar dan grafik dibuat terlebih dahulu, sejelas dan semenarik mungkin, dan diberi penjelasan ringkas. Karena biasanya editor dan reviewer akan melihat secara sekilas dari awal sampai akhir, data dan gambar yang ada di paper. Jika menarik perhatian, maka akan dilanjutkan dengan membaca secara detail.
Setelah draft penulisan sampai bagian results and discussion selesai. Draft itu didiskusikan dengan Sensei. Apakah ada data yang kurang. Jika ada maka harus diambil kembali datanya. Sambil mengambil data yang baru, tahap penulisan juga tetap dilakukan. Bagian sisanya, yaitu conclusions dan introduction. Kenapa bagian introduction ditulis paling akhir, karena bagian ini adalah bagian yang paling sulit dan membutuhkan banyak waktu untuk menulisnya. Selain itu, di introduction ini merupakan bagian yang penting, yang menyatakan posisi riset kita ada dimana dan apa kontribusi yang kita berikan.

Submit manuscript
Setelah draft paper selesai dan formatnya sudah sesuai dengan jurnal yang dituju, maka tahap selanjutnya adalah men-submit paper tersebut. Untuk kasus saya, Sensei sendiri lah yang men-submit paper saya di akhir November. Awalnya sebenarnya tidak terlalu banyak berharap, kalau paper saya akan dibalas editor untuk direvisi. Hal ini karena pengalaman 2 teman lab saya, yang pernah direject di jurnal Carbon. Selain itu, kualitas jurnal ini cukup bagus dengan IF 6.16. 
Sekedar mengingatkan, bagi yang tidak punya format penulisan manuscript seperti jurnal Carbon ini, sebaiknya diberi nomor baris dan halaman, supaya reviewer mudah melakukan penunjukkan baris mana dan halaman berapa di manuscript yang kita buat. Seperti contoh gambar berikut.




Revisi manuscript
Pada akhir Desember, ternyata kami dapat email balasan dari Editor in Chief jurnal Carbon, Prof. Robert H Hurt, untuk merevisi manuscript kami dalam waktu 8 minggu. Revisinya termasuk major revisi. Dari 3 reviewer, satu orang menyatakan dapat diterima dengan revisi dan dua orang reviewer lainnya menyatakan riset yang menarik namun masih harus dikonfirmasi lagi dan meminta penjelasan lebih rinci. Total komentar yang harus ditanggapi dari ketiga reviewer cukup banyak yaitu ada 30 komentar.
Untuk merevisi manuscript dan menanggapi komentar yang banyak tersebut, waktu 8 minggu harus dioptimalkan semaksimal mungkin. Saya menyiasatinya dengan membuang hal-hal yang selama ini banyak menghabiskan waktu saya, yaitu men deaktifasi akun Facebook. Selain itu, saya juga menambah waktu kerja dan membuat jadwal, komentar mana yang harus dijawab minggu ini dan seterusnya. Tips optimalisasi waktu ini, saya dapat dari blog Ario Muhammad dan Cal Newport.
Seperti biasa, segala sesuatunya dimulai dengan hal yang mudah terlebih dahulu. Setiap komentar dari reviewer diberi nomor dan response dari komentar diberi warna yang berbeda. Selain itu, jika kita merujuk ke manuscript yang direvisi, sebaiknya dibubuhkan juga nomor halaman dan baris keberapa. Seperti contoh berikut. Hal ini sangat membantu reviewer, sehingga reviewer tidak perlu mencari-cari mana yang sedang diubah. Memberi warna huruf pada manuscript juga sangat dianjurkan untuk memudahkan reviewer. Di manuscript saya, saya beri warna merah untuk yang sedang direvisi.

Di minggu ke-4, hampir semua komentar terjawab dan revisi manuscript, poor gramar serta bagian introduction, juga sudah selesai. Answer sheet comment yang hampir selesai, saya berikan ke Sensei, sekaligus diskusi mengenai beberapa komentar yang sulit terjawab. Setelah diskusi, ternyata dibutuhkan data OES yang baru. Dengan waktu yang singkat, sisa 4 minggu, plus harus membuat presentasi dan poster untuk Shizuoka Symposium, ditambah dengan membantu eksperimen Visiting Professor dari India, maka pekerjaan merevisi manuscript ini jadi lebih berat. Pada minggu ke-8, sisa 1 hari, dikirimlah revisi pertama manuscript.

10 hari kemudian, datang email dari Sensei, untuk merevisi tahap kedua. Kali ini revisi minor, dari 2 orang reviewer. 1 orang reviewer lainnya telah setuju. Lama revisinya 3 minggu. Di minggu ke-3, jawaban komentar dan revisi dikirim. Kemudian, selang 1 minggu, saya dapat email dari Sensei sekitar jam 1 malam, bahwa manucript diterima di jurnal Carbon, Alhamdulillah.. Setelah itu, biasanya akan ada proof read dari journal untuk pengecekan yang terakhir kali.


Semoga bermanfaat,
Hamamatsu, 22 Jumadil Akhir 1436


ImageJ: Software untuk mengolah gambar yg free.
(Download Software)

Menghitung intensitas fluorescence
1. Setting tabel:
Analyze => Set Measurement => Pilih (1) Area (2) Integrated density (3) Mean gray value
2. Menghitung intensitas:
Intensitas = IntDen - (Area x Mean of background)

Sumber: theolb.readthedocs.org

Digitizing data / plot dari gambar


Sumber: lukemiller.org

Kalau mau menggunakan software khusus, bisa klik link berikut:
1. http://arohatgi.info/WebPlotDigitizer/
2. http://plotdigitizer.sourceforge.net/


Semoga bermanfaat
24 Jumadil Awal 1436
Bismillah...

Karena kebutuhan untuk membuat video di power point, akhirnya saya putuskan untuk mengconvert dari file video ke file GIF (Graphics Interchange Format), agar lebih mudah dijalankan di semua komputer. Karena kadang kalau kita menggunakan video di power point, tidak semua komputer bisa support menjalankan videonya.

Ada 2 software yang bisa digunakan dan gratis: (1) GifCam; dan (2) LICECap. Saya sudah coba dua-duanya. Dan pilihan saya jatuh ke GifCam karena lebih banyak fitur yang bisa dimodifikasi.

Untuk mendownload dan mengetahui fitur-fitur lengkap GifCam bisa dilihat langsung di web: http://blog.bahraniapps.com/gifcam/

Contoh file GIF yang berhasil dibuat menggunakan GifCam untuk presentasi aplikasi plasma surface modification




Semoga bermanfaat..

Bismillah...

Unduh jurnal gratis bisa diklik di link berikut: sci-hub.org
dengan memasukkan DOI atau nama author dan judul artikel.



Untuk buku, bisa diklik di link berikut: gen.lib.rus.ec



Semoga bermanfaat.
Software Inkscape: freeware yang nyaman digunakan untuk mengedit atau membuat gambar di power point maupun paper. :)

Memunculkan simbol
1. Tekan ctrl + U
2. Input nilai unicode simbol tersebut (contoh: micro = 00B5)

Crop Gambar
1. Buat kotak seukuran yg akan di crop
2. Pilih kedua objek tersebut dengan menekan tombol alt
3. Object -> Clip -> Set